Í Þelamerkurskóla er talið mikilvægt og dýrmætt að eiga í góðu samstarfi við framhaldsskóla í nágrenninu í þeim tilgangi að byggja brú milli skólastiga og nýta þau tækifæri sem gefast til að koma til móts við fjölbreyttar þarfir og forsendur nemenda.
Skólinn á regluleg samtöl við Verkmenntaskólann á Akureyri um samstarf auk þess sem gerður hefur verið formlegur samstarfssamningur við Menntaskólann á Tröllaskaga um aðgengi nemenda Þelamerkurskóla að fjarnámi í völdum áföngum.
Hér er að finna samstarfssamning Menntaskólans á Tröllaskaga og Þelamerkurskóla